O Departamento de Sanidade Animal, oficialmente com a designação de Organização de Produtores Pecuários (OPP), enquadra-se na FAGRICOOP com os seguintes objetivos:
Fazer cumprir o Programa Sanitário Anual, elaborado pela DGAV;
Efetuar os Testes de Pré-Movimentação na circulação de animais em território nacional;
Identificar Bovinos e Pequenos Ruminantes;
Efetuar a desparasitação e vacinação voluntárias de Bovinos e Pequenos Ruminantes nas explorações;